Korvamerkkien irtoaminen aiheuttaa eläimen omistajalle lisätyötä ja -kustannuksia sekä seurauksena tapaturmavaaran erityisesti aikuisia eläimiä merkittäessä.
Vuosina 1998–2005 sattui nautojen korvamerkinnän yhteydessä yhteensä 68 korvaukseen johtanutta tapaturmaa. Kolmasosa tapaturmista oli vakavia, eli niistä seurannut työkyvyttömyys kesti yli 30 päivää. Todennäköisesti pienempiä tapaturmia sattuu enemmänkin, sillä suuri osa jäänee tilastoimatta. Eläinten siirrot kaikkiaan ovat yksi riskialttiimpia maatilan töitä, ja korvamerkin kiinnittämisen yhteydessäkin eläimiä usein siirrellään.
Suurin osa tapaturmista on sattunut eläimen heilauttaessa päätään tai riuhtaistessa itsensä muutoin käsittelijän otteesta, jolloin käsittelijä kaatuu ja samalla loukkaa itsensä. Tyypillistä on myös, että sormet tai käsi jäävät eläimen pään ja parsi- tai muiden rakenteiden väliin. Muita tapaturmia olivat mm. revähtymät, iskut kasvoihin ja puristumiset. Useimmiten käsittelijä oli tullut pusketuksi sonnia merkitessään. Tapaturmakuvausten perusteella eläintä on harvoin sidottu kiinni, vaan sitä yritetään hallita käsivoimin, mikä on ollut monesti pääsyy tapaturmaan.
TTS:n (Työtehoseura) vuonna 2008 julkaistussa tiedotteessa esitellään turvallisia tapoja nautojen korvamerkkien kiinnittämisessä. Huomion kohteina ovat työtavat, eläimen käsittely kiinnitystilanteessa, käsittelyvälineet ja käsittelytilat. Neuvot ovat yksinkertaisia, mutta keskeinen sanoma on, että vähäiseltä tuntuvaan toimenpiteeseen kannattaa suhtautua kuitenkin vakavasti.
Suositeltavaa on, että käytössä olisi erillinen käsittelypaikka, jossa eläin voidaan turvallisesti sitoa päästään kiinni. Lihakarjatiloilla käsittelypaikkoja ei useinkaan ole, mutta kunnolliseen käsittelyjärjestelmään kannattaisi panostaa. Eläimiä tulisi muutoinkin pystyä hoitamaan esimerkiksi sairastapauksissa. Toimivaksi suunnitellussa käsittelyjärjestelmässä onnistuu myös eläinten punnitus, jolloin tarkempi tuotannonseuranta on myös mahdollista. Käsittelyjärjestelmät tulisi myös ottaa investointituen piiriin, koska ne ovat muiden rakenteiden tavoin osa tuotantokokonaisuutta, tai niiden tulisi olla.
